Durante uma operação naval em 21 de abril, o submarino Nanggala-402 da Marinha Indonésia navegava a cerca de 100 Km ao norte da ilha de Bali, e ao receber autorização para mergulhar em águas mais profundas, o submarino não emitiu mais comunicação com o Comandante da Força-Tarefa de combate Danguspurla II, marcando o último contato com a Marinha.

O submarino Nanggala-402 deveria realizar um exercício de tiro de torpedo durante uma operação naval. Com base em uma declaração escrita do Departamento de Relações Públicas do Ministério da Defesa, o Nanggala pediu permissão para mergulhar às 03:00 horário local, desaparecendo logo em seguida
A alta autoridade do governo americano havia autorizado o deslocamento de um avião de vigilância e reconhecimento P-8A Poseidon da Marinha dos EUA para se juntar à busca pelo submarino da classe Cakra da Marinha da Indonésia, pousando no sábado, 24 de abril.
O resultado das buscas surgiu, e a notícia que ninguém gostaria de ouvir foi soada pela Marinha da Indonésia.

Através de radares de varredura e sonares, as equipes de buscas localizaram o submarino desaparecido e seus destroços a cerca de 834 m da superfície do mar, além disso, Nanggala foi dividido em três partes, o casco do navio, a popa do navio e as partes principais estavam todas separadas, com a parte principal destruída, constatação quatro dias após o desaparecimento, e todo a tripulação a bordo foi declarada morta.
Por todos os fatores ocorridos, a Marinha da Indonésia descartou qualquer erro humano no incidente e refutou as sugestões de que seu condenado submarino a diesel classe Cakra (Tipo 209/1300) transportava mais pessoal do que a embarcação havia sido projetada no momento de seu desaparecimento.
A maioria dos sistemas de resgate é avaliado para apenas 600 m, talvez os tripulantes navegaram mais fundo do que isso porque teriam uma margem de segurança embutida no projeto, mas as bombas e outros sistemas associados a isso podem não ter a capacidade de operar. Assim, eles podiam sobreviver nessa profundidade, mas não necessariamente operar.
Ao que se sabe, a embarcação carreava um total de 53 pessoas a bordo no momento de seu desaparecimento, incluindo não membros da tripulação. Entre os presentes estava o coronel Harry Setiawan, comandante do esquadrão de submarinos, que estava a bordo para testemunhar um exercício de tiro de torpedo.

Moradores da cidade de Banyuwangi, em Java Oriental, que abriga a base naval de onde as operações de busca e resgate foram conduzidas, aderiram a apelos nacionais para acelerar a modernização das forças de defesa da Indonésia.
Nenhuma causa do incidente ainda foi determinada, mas, com o desenrolar da investigação, o desastre do ecoará por toda a Ásia.
Segundo previsão de especialistas, uma tendência pode estar surgindo: tensões geopolíticas agravadas, imperativos de treinamento acelerado e novas tecnologias podem tentar várias marinhas regionais a levar suas plataformas submarinas mais antigas ao limite absoluto e além. Sem mudanças, a região deve esperar mais desastres semelhantes ao Nanggala-402.
Com informações complementares Forbes, BBC Indonesia, NBC, Felipe Moretti, via Redação Área Militar